万历三十二年，经顾宪成和同僚的共同努力，官府终于批准在无锡城东‘门’内的东林书院遗址重建兴复东林书院。
顾宪成又亲自为书院讲会审订了宗旨及具体会约仪式，这年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人发起东林大会，制定了《东林会约》，顾宪成首任东林书院的主讲。顾宪成的讲学活动成为他一生事业的辉煌时期。讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物。
顾宪成等人在东林书院聚众讲学，因言行举止，竭诚坦‘荡’，赢得了朝中一些正直官员的钦佩，而顾宪成的许多学生也已走入官场，这样就形成了一股较大的政治势力。许多东林官员纷纷上疏推荐重新起用顾宪成。
万历三十六年，顾宪成被正式任命为南京光禄寺少卿，顾宪成为了实现自己的救世理想，便奉旨动身前往南京赴任，由水路放舟至丹阳附近，不料因头痛‘毛’病复发，无法坚持，只得作罢。
东林党主要代表三吴士绅、东南城市势力、本地方实力派，而且只认可南宋的程朱理学，其他的一概反对，不管什么问题，解决方法只有一个，道德。
起初，东林党人大多尚能称得上正人君子。他们希望重建道德权威，并通过道德手段解决当时的一系列危机。这种‘激’进的道德主义旗帜，加上东林党领袖本身的人格魅力，在开始时犹如一阵新风，给人带来了希望。
但道德的力量，并非无限，它需要有一套合理而有效的制度与之相配套，而且，任何个人或集团都有双重‘性’格，在道德和利益之间摇摆不定，只有实现了相对的利益，才能谈得上道德。
除了极少数圣人，绝对的道德主义是注定要失败的。道德还会常常成为政治斗争的工具、党同伐异的武器。许多人借道德之名，谋自身利益，并以道德去约束别人，放纵自己。至于他们自己到底相信多少，又去做了多少，只有他们自己知道了。
开始的东林党人，就是一些绝对的道德理想主义者。但当他们的组织一旦成为有影响力的政治团体时，其‘性’质就开始发生了变化。
东林党的许多行为，实际上就是党争行为，其动机也未必像他们自己当初所标榜的那样堂皇，更多时候党派利益要显得重要得多。他们在野时，对当权者样样看不顺眼，动辄口诛笔伐，而当他们得势时，也同样拿不出切实有效的治国手段来。
更严重的是，东林党到后来虽声势浩大，实则鱼目‘混’珠，不仅招忌，而且也为其对手提供了不少口实。后来的血光之灾，其实已于此时埋下了因果。
万历三十八年朝局反复，廷臣之间因东林党官员李三才能否入阁发生了‘激’烈的党争。掌京畿道御史徐兆奎攻击朝廷内有许多官员与削职为民的顾宪成勾结一起，结成东林党。
反对派的主要理由也是几乎可笑，他们认为李三才生活太奢侈，李三才在这方面的确不怎么注意，可这种生活细节无论如何都不能成为不能当阁臣的正当理由，要是能证明李三才贪腐的话就合适。
一时之间，诸多人站出来反对，诸多人站出来表示赞成。朝廷上下，南京北京仅围绕着一个阁臣问题开始了‘激’烈的争论，由就事论事发展到了个人攻击，再由个人攻击发展到了派别之争。
远在无锡的顾宪成听到这个消息后，出于好意给当时的叶向高写了一封信，他说，自己和李三才是再好不过的朋友，对其十分了解，无论是能力还是人品，都对得起阁臣之职。
先接到他的信的是李三才的好朋友御史吴亮，这个家伙居然把这封信抄在了邸报上，遍递各衙‘门’，无疑，这‘激’起了那些反对李三才入阁的人的愤怒，他们认为，顾宪成以一介草民，居然敢干预政事，简直是大逆不道。
李三才因为顾宪成的那封信，他已经没有任何理由入阁，并且，他原来的职位也无法保住，他只好请求辞职，当他一连向皇上上了十五次辞职的疏章没有得到回音后，他就不等皇上允许，自动离职卸任，回通州定居去了。
在东林党的势力逐渐扩大的情况下，一些失意的政客，善于钻营的士大夫纷纷投进东林党，而且，在这些人信誓旦旦的道德承诺下，东林党也接纳了他们。
东林党这时的主要对手是浙党，以及依附于浙党的齐党、楚党、宣党。两派在一切问题上似乎都要针锋相对，并互相倾轧。浙党沈一贯任首辅时，东林虽居下风，但顾宪成等人仍团结一大批志同道合者，影响朝廷，甚至出位论政。至万历三十九年，东林党人借京察之名，联合吏部尚书孙丕扬，逐斥浙党诸人，掌握了主动。
但不久浙党方从哲入阁，浙党又进入反攻状态。到万历四十五年京察时，方从哲已居首辅，浙党势力进一步加强，东林党人被纷纷罢免。
那么，东林党的人是些什么人呢？这些人大都是有功名、田地或是资产的中小地主阶层和工商业主，自然为了自身利益极力反对任何征税。
那么东林党这些年的主要功绩有哪些呢？
第一起事件是张居正被抄家，顾宪成认为这是张居正咎由自取。
第二件事是争国本，后来成为东林党人与内阁和皇上三派人马整整争论了十五年之久。
第三件事是万历十五年的京察，北京主持人为左都御史辛自修，南京主持人为大名鼎鼎的右都御史海瑞，两人都‘欲’借京察整饬吏治，顾宪成在北京支持辛自修，他的弟弟顾允成等在南京支持海瑞，结果，辛自修与海瑞都失败，顾宪成兄弟被降斥。
第四件事是三王并封，顾宪成强烈反对。
第五件事是癸巳京察，主计人是吏部尚书孙鑨，左都御史李世达和考功司郎中**星。