之前曾经提到过整个学园都市是以能力等级为标准划分的，学力和超能力是两个重要指标。所有学生必须接受超能力开发。等级从level0到level5，等级越高，地位越高。每个月所收到的报酬、津贴、奖金就越高。
反之等级越低的人，比如说无能力者，就只能生活在整个学园都市的底层，仰望着离他们很遥远的能力者高塔。
一部分无能力者无法接受这种宿命，选择了不同的道路。
有选择当不良的，扰乱学园都市治安，秀存在感，提供经验值的；
有选择使用幻想御手，希望能够提升等级的，在学园都市拥有自己的一席之地的；
有组织无能力者集团，利用能力下降装置报复能力者的；
more and more，在学园都市里发生的许多事件本质上都是无能力者被压在底层的，逐渐积攒的愤懑、不平、扭曲形成的。
但过去大多数事件总体来说分类应该属于群众，他们无论是学力还是超能力，还是才能等等方面，各个指标都处于低下水平。
随着时间的推移，这种等级制度所造成的影响扩散到了拥有一定学力和才能的"知识分子"身上。
"生化智能计划"，以有富春树为首的暗部"study"，一群"知识分子"一直在执行的特殊计划。
其主要内容是计划破除以能力等级为目标的唯能力论，转而自行制造能力者，试图将学园都市带入智者（而非能力者）掌控的状态。
将能力者从神坛上拉下来，将原本不稳定的，需要一定天分和一定概率才能产生的能力者，以不同于现行的方式，更稳定更有品质和效率的方式打造能力者，以智者掌控的体系去取代能力者体系，进行"革命"是他们的目标。
而作为"生化智能计划"的主要产物就是造出了菲布莉和珍妮。
本来嘛，就算有富春树他们闹翻天，一方通行也不会管的。虽然因为藤原光里的影响，一方通行已经有向善的意愿，已经很少将自己当做是恶党，但他从来不是救世主，也不愿意做救世主，他只想做他想做的事情。
这种鸡毛蒜皮的事情，一方通行才没有兴趣去管呢~
虽然对他们也没有好感就是了，因为毕竟一方通行本身就身为学园都市的level5，还是第一位，以能力为衡量标准正符合他的利益。
而有富春树他们计划推翻学园都市更是让一方通行感到不爽，不管学园都市有多少的黑暗，但是至少学园都市是世界上唯一一个容得下能力者的地方，如果学园都市被推翻的话，他们这些被开发出的能力者又该何去何从呢？一方通行虽然不爱管事，但并不代表他没有远见。
他很清楚的看到其中的危害，因此对整个"study"都全无好感。
但是再没有好感，如果没有藤原光里需要器材这个契机的话，他也是不会管的。
然而也该是有富春树的悲剧，那就是在一方通行四处调查修复藤原光里身体的时候，"study"进入了他的视线，并且一方通行清楚的记得那里有很多藤原光里能用得上的器材。
"OK，顺道走一趟吧~"一方通行白翼一伸，天空中就划出了一条高速的轨迹。
第十三学区"study"的据点到了。
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狭小的空间里，四处密封，只有上层的微小通风口供人们呼吸。墙壁的棱角散发着幽蓝色的光芒，而摆在桌子上统一采用深黑色的高科技电脑亮着白光。上面放置着一张非常可爱的一名七八岁小女孩的图片。
图片上的女孩她有着娇小的身躯，幽紫色的可爱瞳孔，金色的头发随意的披散在肩上，两个呆毛非常显眼的矗立。
嘴里叼着一根棒棒糖，右手还拿着一把小雨伞。是一个让最挑剔的萝莉控眼睛都为之发亮的可爱萝莉。
此时暗部"study"的成员正在开一次关于这个小女孩的重要会议。
"那么一如既往的进行表决吧~"一个长相普通，栗色头发，带着学究气满满的圆框眼镜的研究员望着在场的各位成员，自信满满的说道。
"同意采用特制药物中和毒素并进行控制方案的，举手！"
大部分的研究人员都毫不犹豫的举起了右手进行表决，只有一个蓝色发丝稍微凌乱，死鱼眼令人毛骨悚然，整个人给人以缺乏健康的气息的女性没有及时举手。
直到那个刚刚发言的研究员扫了她一眼之后，她才将手举起来。
"果然叛徒就是叛徒啊~"这个研究员心里这样想着，脸上却是露出了志满意得的笑容。
忽然在这个研究员身后，流动着幽蓝色灯光的墙壁轰然倒塌。一个不规则的，显然遭到巨力而破坏的大洞出现在墙壁上。
"又在进行什么肮脏的交易啊~"一个拥有质感白毛以及深红瞳孔的少年闲庭信步的走了进来，漫不经心的扫视着坐在这里的一干人模狗样的研究员，相当不耐烦的将手放在后颈处揉了揉疲惫的脖子。
"你······是······一方通行。"其中一个研究员豁的一下站起身，顾不上扶起倒下的，刚刚还坐在屁股后面的椅子，只是恐惧的往后面退上几步。
"一方通行吗？"那个栗色眼镜男只是看着一方通行冷笑了一声，"能力者吗？不过是被能力等级主义僵化的人，而我们"study"是要在学园都市引发革命的人，我们是要向世界证明开拓新时代的不是能力，而是智慧，你们忘记了吗？
栗色眼镜男完全无视了一方通行的存在，竟然敢在这个时候尚且还在教训自己的团队。
"革命？有富春树······"一方通行轻蔑的笑了笑，"到底是谁给你们这样的勇气，认为自己能够在学园都市引发革命的！"